治理体系与治理能力现代化是实现学校事业高质量发展的根本要求。第三次党代会以来，学校坚定不移推进治理体系和治理能力现代化建设，着力破除制约学校改革发展的体制机制障碍，切实将治理体系创新和治理能力提升转化为治理效能，成为推动学校“双一流”建设、创建中国特色世界一流农业大学的强大动力。
加强党的全面领导，完善议事规程。一是印发《党委领导下的校长负责制实施细则》，明确学校党委对学校工作的全面领导。二是成立学校党的建设和全面从严治党工作领导小组，制定校党委、党委各部门、院系党组织全面从严治党主体责任清单，推动全面从严治党主体责任落细落实。三是健全党委全委会、党委常委会会议和校长办公会议议事规程，明确议事范围，坚持科学决策、民主决策、依法决策。学校获批陕西省党建工作示范高校，学校党委被评为“陕西高校先进校级党委”。
坚持《章程》核心地位，健全治理制度。修订学校《章程》，建立健全以《章程》为核心系统完备、科学规范、运行有效的制度体系。全面梳理学校教学、科研、管理服务等各方面的制度办法，全方位开展“废、改、立、留”清理工作，加强规章制度建设，构建形成系统性强、层次清晰、内容规范，具有学校特色的现代大学治理制度体系。
强化民主治理理念，优化治理结构。一是全面优化管理机构设置。成立学校机构与人员编制工作领导小组，着力推动管理机构优化调整，构建精简、高效、符合现代大学治理需要的组织架构。二是建立校领导牵头承担重要改革任务制度，建立重大任务重要工作推进落实评价激励机制，突出质量绩效。三是加强学术治理体系建设，突出教授治学理念，不断规范学术事务程序和职权。四是调整优化各类常设议事协调机构，加强统筹协调，充分发挥常设议事协调机构的辅助决策功能。五是完善校院两级教代会、团代会、学代会、研代会及民主党派在学校治理和管理中的决策、审议和监督体制机制。六是成立督办工作领导小组，对事关学校发展全局性重大任务形成集中力量办大事的工作格局。
全面深化改革创新，提升治理效能。一是深化校院两级管理体制改革，加快推进管理重心下移，建立以学院为管理重心的运行体制。合理配置校院两级责权，在人才引进、职称评定、教师考核、津贴分配、资源配置等方面赋予学院更多的“自主权”“话语权”，增强学院在学校内部治理中的地位和作用，释放学院活力、激发学院动力。二是强化管理考核评价。坚持分类考核、目标考核和过程考核相结合，将考评结果与单位绩效紧密挂钩，真正发挥考评工作的激励、导向作用，提升工作动力和执行力。三是深入贯彻落实中共中央国务院关于新时代教育评价改革要求，制定落实工作方案和任务清单，初步建立起符合时代要求和学校发展实际的教育评价制度体系。学校入选教育部全国教育评价改革试点高校。
提升依法治校水平，构建法治秩序。一是制定《关于进一步加强法治工作的实施方案》，不断提升学校法治工作能力和水平。二是将依法办学治校纳入校领导班子年度述职述责述廉范畴，强化领导干部法治观念和素养。三是制定《重大决策风险评估办法》，进一步规范重大决策规程，重大决策前充分听取师生意见建议，履行专家论证、风险评估、合法性审查等程序，切实提升决策质量。四是制定《合同管理办法》，上线运行合同管理信息化系统，规范合同审核程序，防范化解重大合同法律风险，切实维护学校合法利益。
第三次党代会以来，学校各项改革发展事业取得突出成绩，七省部院局联合印发《关于深化共建西北农林科技大学的意见》，学校系统总结合并组建20年科教体制统筹改革经验，圆满完成首轮“双一流”建设周期任务，顺利进入新一轮“双一流”建设高校序列。立足新时代、踏上新征程，学校将始终牢记党和国家赋予的崇高使命，紧密围绕国家重大战略需求和创建中国特色世界一流农业大学的战略目标，进一步优化治理体系、提升治理能力，不断加快治理现代化步伐，努力开创学校事业发展新局面。