1999年9月5日，国务院办公厅下发《关于组建西北农林科技大学的复函》，同意农业部西北农业大学、国家林业局西北林学院、中国科学院水利部水土保持研究所、水利部西北水利科学研究所、陕西省农业科学院、陕西省西北植物研究所、陕西省林业科学研究院合并组建西北农林科技大学。相应撤销原有学校和科研单位的独立建制。

　　1999年9月9日，教育部发出《关于组建西北农林科技大学的决定》，7个科教单位合并后，校名定为“西北农林科技大学”，实行一个法人、一个领导班子、一个建制。

　　1999年9月，教育部党组根据中组部任免通知，决定孙武学任中共西北农林科技大学委员会委员、常委、书记；白志礼、彭有冬、王万忠任中共西北农林科技大学委员会委员、常委、副书记；李靖、田均良、张波、魏益民、李良晨、杨晓东任中共西北农林科技大学委员会委员、常委；杨景昆任中共西北农林科技大学委员会委员、常委，中共西北农林科技大学纪律检查委员会委员、书记。

　　2003年8月，中共教育部党组根据中央任免通知，决定张光强任中共西北农林科技大学委员会委员、常委、书记（副部长级）。

　　截至第一次党代会召开前，校党委领导班子成员为：校党委党委书记张光强，党委副书记王万忠、王革、杨景昆、马书尚。校纪律检查委员会书记：杨景昆（兼）。

　　全校共设27个基层党委、党总支、直属党支部和228个党支部；累计发展新党员4715名（其中学生党员4505名），累计培训入党积极分子14733名。